Suatu ketika dahulu di dunia dan alam yang berbeza, wujudnya satu dunia yang aman dan damai yang merangkumi 72 pelbagai kaum dan bangsa yang berbeza daripada 4 benua yang berlainan. Dunia tersebut dikenali sebagai Lunix.
Dunia Lunix diperintah dengan adil dan saksama oleh seorang maharaja yang berjaya menyatukan kesemua 72 pelbagai kaum dan bangsa ini dan diletakkan di bawah satu empayar yang dikenali sebagai Empayar Aquarion.
Maharaja yang disegani dan dihormati oleh kesemua 72 kaum dan bangsa empayar Aquarion dikenali sebagai Maharaja Equina dan dia memerintah Lunix bersama-sama permaisuri yang tercinta, Permaisuri Aquila di samping putera dan puterinya.
Selama lebih 50 tahun dunia Lunix aman dari segala bentuk ancaman, namun di sebalik keamanan tersebut wujudnya anasir-anasir jahat yang tidak diketahui asal usulnya menular di sebalik kerabat empayar Aquarion.
Hingga di satu hari berlakunya pembunuhan dan serangan musuh yang diketuai sendiri oleh Putera sulung Equiza tanpa sebarang belas kasihan mahupun sebab. Ramai rakyat jelata yang tidak berdosa menjadi korban dan tentera empayar Aquarion mudah tertewas di atas kelicikan dan tipu helah Equiza yang juga merupakan komander pasukan tentera tersebut.
Maharaja Equina dan Permaisuri Aquila berjaya diselamatkan oleh putera bongsunya Equixar yang menjadi korban di tangan abangnya sendiri. Mereka telah dilarikan ke benua antartik di bawah perlindungan kaum Elfa yang berjaya mengabui pandangan anasir jahat tersebut dan memesongkan sebarang gerakan mencari yang dilancarkan.
Dan pada ketika itu juga dinasti Empayar Aquarion jatuh dan lahirnya zaman pemerintahan Equiza yang dikenali sebagai zaman Equinox yang penuh dengan kegelapan dan bersifat kuku besi.
Selang 55 tahun kemudian, suatu perkara yang tidak dijangkakan berlaku. Seorang bayi perempuan lahir di Bandar Ais Elvion, sebuah bandar milik kaum Elfa. Sebelum bayi itu lahir, Permaisuri Aquila pernah meramalkan akan lahirnya seorang bayi perempuan yang akan dinamakan Aqila bersama takdir yang akan membelengguinya seumur hidup. Takdir sebagai penyelamat dinasti empayar Aquarion dan juga pemusnah zaman empayar Equinox.
Bayi tersebut akan mempunyai tanda lahir yang berkilau di tapak tangan kanannya, tanda yang menyerupai simbol keluarga diraja Aquarion, Aquaria.
Kisahnya bermula di sini...
